Majstrowanie przy precyzyjnie wyregulowanym systemie genetycznym organizmu stanowi poważne zagrożenie dla jego zachowania, integralności i zdrowia. Organizmy modyfikowane genetycznie (GMO) mogą powodować bardzo nieprzyjemne niespodzianki, jako że inżynieria genetyczna zakłóca kontekst, w którym geny funkcjonują. Obcy gen może zniszczyć i/lub wpłynąć na funkcjonowanie genów własnych organizmu-gospodarza. Ilustracją tego zjawiska są niespodzianki, jakie często spotykają uczonych w przypadku przeniesienia więcej niż jednego genu. Taka operacja może spowodować wyłączenie działania innych genów. Naukowcy uważają, że właśnie to zjawisko wystąpiło podczas eksperymentu przeprowadzonego w Niemczech, kiedy to okazało się, że wbrew wcześniejszym oczekiwaniom, poddana manipulacjom genetycznym petunia nie miała kwiatów w kolorze albo białym, albo czerwonym; niektóre rośliny miały kwiaty zarówno białe, jak i czerwone, a nawet kwiaty w paski! Nic nam nie grozi ze strony petunii we wzorki, jednak zakłócanie innych funkcji żywego organizmu może nieść ze sobą o wiele większe ryzyko.
Liczne eksperymenty na zwierzętach wykazały, że przeniesienie obcych genów może spowodować wiele, często bolesnych, skutków ubocznych.
Przykładem może tu być przeniesienie ludzkich genów odpowiedzialnych za wytwarzanie hormonu wzrostu do świń, przeprowadzone w amerykańskiej rządowej placówce badawczej w miejscowości Beltsville. Operacja ta miała na celu przyspieszenie wzrostu zwierząt, zwiększenie ich wagi przy jednoczesnym zredukowaniu ilości tkanki tłuszczowej; skutkiem ubocznym było jednak to, że przekształcone genetycznie świnie cierpiały na skutek takich przypadłości, jak słaby wzrok, artretyzm albo ospałość.