Niezależnie od potencjalnych zagrożeń dla środowiska i zdrowia ludzkiego, komercjalizacja transgenicznych "super-roślin' mogłaby mieć poważne skutki społeczno-gospodarcze. Rośliny te mogłyby przenosić swe obce geny na inne rośliny. W ten sposób mogłyby całkowicie wyprzeć inne odmiany i przyspieszyć zanikanie rodzimych odmian uprawnych, z których korzysta rolnictwo ekologiczne. Skutki tego typu są wielką niewiadomą i są nieodwracalne.

Całe łańcuchy produkcyjne mogą znaleźć się pod monopolistyczną kontrolą - od dostaw środków do produkcji rolnej (nasiona, nawozy, chemiczne środki ochrony roślin, maszyny itd.) poprzez uprawę roślin aż po sprzęt i cały etap przetwórstwa. Może się okazać, że aby móc korzystać z danych nasion, powstałych w wyniku manipulacji genetycznych, producenci rolni będą musieli zwiększać stosowanie konkretnych chemicznych środków ochrony roślin. Mogą też zostać zrujnowani przez ponadnarodowe korporacje, dostarczające coraz droższych środków produkcji i kupujące ich produkty rolne po coraz niższych cenach. [2]

Nie można wykluczyć sytuacji, w której producenci będą napuszczani przeciwko sobie nawzajem, podczas gdy potężne, zintegrowane pionowo firmy będą manipulować rynkami wedle swojego widzimisię. Wreszcie, może nastąpić przesunięcie produkcji z drobnych gospodarstw do ogromnych posiadłości, a z ogromnych posiadłości do bioreaktorów, które w ostatecznym rozrachunku doprowadzą do utraty miejsc pracy. [3]

Stosowanie technik inżynierii genetycznej w celu preparowania organizmów genetycznie zmodyfikowanych dla potrzeb rolnictwa stanowi jeszcze jeden przykład wyrafinowanego technicznie, lecz niezbyt mądrego rozwiązania, leczącego jedynie objawy o wiele głębszych problemów zamiast starać się usunąć ich przyczyny. W istocie nie jest to więc żadne rozwiązanie. Można wręcz powiedzieć, że wykorzystanie GMO w rolnictwie może zniweczyć wysiłki na rzecz rzeczywistego rozwiązania, którym jest rolnictwo ekologiczne.