Nowy ustrój administracji publicznej opiera się na założeniu, że podstawowe zadania w różnych dziedzinach - również w dziedzinie ochrony środowiska - mają praktycznie wykonywać instytucje samorządowe: samorząd powiatowy, samorząd wojewódzki, a także gminy. Natomiast uprawnienia nadzorcze, kontrolne, interwencyjne, policyjne mają znajdować się w gestii rządu i administracji rządowej. Podstawową funkcją, jaką minister i ministerstwo mają do spełnienia w nowym systemie konstytucyjnym, jest przygotowanie programów rządowych, ustawodawstwo oraz realizacja polityki państwa w danej dziedzinie.

Ustawa kompetencyjna, która weszła w życie od 1 stycznia 1999 r., nie zmienia obowiązujących do tej pory zasad ochrony wód przed zanieczyszczeniem, tj. obowiązków jednostek organizacyjnych i osób fizycznych, wprowadza jedynie zmiany dotyczące kompetencji wydawania pozwoleń na korzystanie z wód przez wymienionych użytkowników.

Ustawa Prawo wodne przewiduje, że użytkownicy wód pobierający wodę i odprowadzający ścieki, a także korzystający w inny sposób z wody, zobowiązani są do posiadania decyzji administracyjnej, określającej ilość pobieranej wody, ilość i jakość wprowadzanych do wód lub do ziemi ścieków oraz inne obowiązki związane z korzystaniem z wód, wydawanych dotychczas przez wojewodów.

Decyzje administracyjne dotyczące inwestycji szczególnie szkodliwych dla środowiska są wydawane przez wojewodów, a decyzje dotyczące inwestycji mogących pogorszyć stan środowiska powierzone zostały starostom. Starosta jest też podstawowym organem rozpatrującym sprawy z zakresu korzystania z zasobów wodnych - część zadań o charakterze lokalnym realizuje jako zadania własne, pozostałe - jako zadania z zakresu administracji rządowej.

Pewien problem stanowić może zamierzone przekazanie wojewódzkich zarządów melioracji i urządzeń wodnych do urzędu marszałka województwa. Wprawdzie generalnie służy to przekazaniu na regionalny szczebel spraw dotyczących zaspokajania potrzeb ludności i rolnictwa, jednak może utrudnić realizację przez państwo nadzoru właścicielskiego nad częścią zasobów wód powierzchniowych i obiektów hydrotechnicznych.

Wytwarzający ma między innymi obowiązek uzyskania zgody właściwego organu administracji na prowadzenie działalności, w wyniku której powstają odpady. Obowiązek ten może być realizowany poprzez uzyskanie kilku różnych decyzji administracyjnych określonych w art. 8. ustawy o odpadach. I tak z dniem 1 stycznia 1999 r. zezwolenie na wytwarzanie (a nie na prowadzenie działalności, w wyniku której powstają odpady - jak wcześniej precyzowała to ustawa o odpadach) odpadów niebezpiecznych lub innych niż niebezpieczne w ilości powyżej jednego tysiąca ton rocznie, z wyłączeniem odpadów komunalnych, wydaje starosta z powiadomieniem zarządu województwa oraz właściwego organu decyzyjnego gminy (wójt, burmistrz lub prezydent miasta). Decyzja starosty wymaga zasięgnięcia opinii organu decyzyjnego gminy, jak również wojewódzkiego inspektora sanitarnego.

Kompetencje gmin w zakresie uzgadniania sposobu postępowania z odpadami zasadniczo nie ulegają zmianom, jednak brzmienie art. 8 ust. 1 i 3 ustawy o odpadach określa nową sytuację wytwarzających odpady, którzy budują lub utrzymują obiekt zaliczany do inwestycji szczególnie szkodliwych dla środowiska i zdrowia ludzi (nowe rozporządzenie Ministra Ochrony Środowiska, Zasobów Naturalnych i Leśnictwa z dnia 14 lipca 1998 r. w sprawie określenia rodzajów inwestycji szczególnie szkodliwych dla środowiska i zdrowia ludzi albo mogących pogorszyć stan środowiska oraz wymagań jakim powinny odpowiadać oceny oddziaływania na środowisko tych inwestycji - Dz. U. Nr 93, poz. 589) lub obiekt, w którym będzie wytwarzane powyżej jednego tysiąca ton rocznie odpadów innych niż niebezpieczne. Zezwolenie na wytwarzanie odpadów, jak i uzgadnianie sposobu postępowania z odpadami wydaje oraz uzgadnia wojewoda w trybie określonym szczegółowymi przepisami.

Ustawa kompetencyjna przekazuje dotychczasowe uprawnienia wojewody do wydawania zezwoleń dla odbiorców na usuwanie odpadów niebezpiecznych, a w tym na transport, wykorzystywanie lub unieszkodliwianie - staroście. Również starosta jest organem właściwym do wydawania zezwolenia na składowanie odpadów niebezpiecznych na wydzielonych częściach składowiska, zasadniczo nie będącego składowiskiem odpadów niebezpiecznych. Jednak wojewoda nadal, w określonym przepisami trybie, wydaje zezwolenie dla tych odbiorców odpadów niebezpiecznych, którzy budować będą obiekt zaliczany do inwestycji szczególnie szkodliwych dla środowiska i zdrowia ludzi (art. 11. ust. 3. i 3a).

Zatem od 1 stycznia 1999 r. w kompetencji wojewody pozostaje wydawanie zezwoleń dla wskazanych jednostek, pozostałe wydaje starosta, mając jednocześnie obowiązek przekazania kopii wydanej decyzji wojewodzie. Z przekazaniem kompetencji do wydawania zezwoleń wiąże się fakt przekazania uprawnień do wydawania decyzji "pochodnych", np. dotyczących cofnięcia wydanego zezwolenia (art. 9 ustawy o odpadach) czy ustanowienia zabezpieczenia roszczeń (art.12 ustawy o odpadach).

Przy okazji zmian kompetencyjnych wprowadzono również do ustawy o odpadach merytoryczną zmianę treści art. 21, polegającą na rozszerzeniu prawa do wyznaczenia miejsca gromadzenia odpadów nie tylko na wytwarzającego, lecz również na odbiorcę odpadów. Tym samym nie uważa się za składowisko odpadów wymagające wyznaczenia w trybie określonym ustawą, takiego miejsca gromadzenia odpadów, na którym ich umieszczenie spełnia łącznie podane w przywołanym wyżej artykule warunki, a odpady przeznaczone są do wykorzystania lub unieszkodliwiania z wyjątkiem składowania. Zarządowi województwa przekazano też prawa do ustalenia wysokości opłaty za składowanie odpadów, które dotychczas wykonywał wojewoda (art. 33 ust. 2 ustawy o odpadach).

Ustawa kompetencyjna nie zmienia obowiązujących do tej pory zasad ochrony środowiska przed hałasem, tj. obowiązków jednostek organizacyjnych i osób fizycznych. Wprowadza jednak zmiany dotyczące kompetencji i obowiązków organów administracji.

Z uwagi na głównie lokalny charakter oddziaływania hałasu większość kompetencji do wydawania orzeczeń administracyjnych w tym zakresie została przekazana staroście, w gestii wojewody pozostawiając jedynie kompetencje w odniesieniu do obiektów szczególnie szkodliwych dla środowiska.

Podane wyżej zmiany dotyczą również ochrony środowiska przed uciążliwościami transportu. W zakresie wymagań jakościowych dla środków transportu i paliw regulacje wydawane są centralnie (przez właściwych ministrów), natomiast w zakresie organizacji transportu - przez właściwe organy zarządzające ruchem, czyli w przeważającej części organy samorządu terytorialnego.

Jednostki organizacyjne mające szczególnie szkodliwy wpływ na środowisko i zdrowie ludzi, a wprowadzające do powietrza substancje zanieczyszczające, muszą uzyskać decyzję administracyjną określającą rodzaj i ilość substancji zanieczyszczających (tzw. decyzję o dopuszczalnych emisjach), wydawanych - jak dotychczas - przez wojewodów. Natomiast jednostki organizacyjne określane jako mogące pogorszyć stan środowiska zobowiązane są do uzyskania decyzji o dopuszczalnej emisji, którą wydaje starosta. Kopię decyzji starosta przekazuje wojewodzie. Zarówno wojewoda, jak i starosta mogą nakładać inne obowiązki wynikające z potrzeb ochrony powietrza oraz prowadzić publicznie dostępne rejestry danych o rodzaju i ilości substancji zanieczyszczających powietrze, dopuszczonych do wprowadzania do powietrza.

Alarmowe poziomy stężeń zanieczyszczeń oraz wynikające w związku z tym obowiązki określane będą w drodze rozporządzeń przez wojewodów po uzgodnieniu z zainteresowanymi starostami.

Jednostki organizacyjne zobowiązane do uiszczania opłat za wprowadzanie substancji zanieczyszczających do powietrza przekazują naliczone przez siebie kwoty na rachunek urzędu marszałkowskiego zamiast, jak dotychczas, wojewody; również marszałkowi województwa jednostki organizacyjne przekazują dane, na podstawie których obliczono te opłaty. Ponadto marszałek województwa prowadzi rejestr rodzajów i ilości substancji faktycznie wprowadzonych do powietrza, a także wyłącza dane z publicznego udostępniania w przypadkach uzasadnionych szczególnymi potrzebami ochrony tajemnicy handlowej.

Ustawa kompetencyjna wprowadza odmienne rozgraniczenie obowiązku uzgadniania treści decyzji o warunkach zabudowy i zagospodarowania terenu, wydawanych dla obiektów szczególnie szkodliwych dla środowiska lub mogących pogorszyć stan środowiska - zgodnie z ogólnym kryterium przyjętym w zakresie zmian dotyczących ochrony środowiska; w pierwszym przypadku uzgodnienie dokonywane jest z działającymi w imieniu wojewody wojewódzkimi inspektorami ochrony środowiska i inspektorem sanitarnym, w drugim - z powiatowym inspektorem sanitarnym.

Ustawa kompetencyjna wprowadza starostę jako nowy organ koncesyjny (art. 86). Starosta udziela koncesji na poszukiwanie, rozpoznawanie i wydobywanie kopalin pospolitych na powierzchni nie przekraczającej 2 ha i przewidywanym rocznym wydobyciu nie przekraczającym 10 000 m³. Przepis ten powierza udzielanie koncesji na wydobywanie kopalin pospolitych z lokalnych, niedużych złóż.

Nadzór nad gospodarką leśną w lasach nie stanowiących własności Skarbu Państwa ustawa kompetencyjna pozostawia wojewodom, a kompetencje kierowników urzędów rejonowych przekazano starostom.

W zakresie dotacji z budżetu państwa na pokrycie kosztów przebudowy drzewostanów związanych z usunięciem szkody wyrządzonej przez sprawcę, którego nie można ustalić oraz zalesianie gruntów, dysponentem tych środków jest starosta wykonujący zadania z zakresu administracji rządowej.

Wprowadzona została zasada uznawania przez wojewodę lasów za ochronne lub pozbawianie ich tego charakteru w odniesieniu do lasów nie stanowiących własności Skarbu Państwa. Dotychczas była to kompetencja Ministra Ochrony Środowiska, Zasobów Naturalnych i Leśnictwa.

Uproszczone plany urządzenia lasów nie stanowiących własności Skarbu Państwa, należących do osób fizycznych i wspólnot gruntowych wykonywane będą ze środków budżetu Państwa na zlecenie starosty wykonującego zadania z zakresu administracji rządowej. Do 1 stycznia 1999 były one wykonywane na zlecenie wojewody.

Starosta wykonujący zadania z zakresu administracji rządowej wydaje decyzje w przypadkach losowych w sprawie pozyskania drewna w lasach nie stanowiących własności Skarbu Państwa, niezgodnego z uproszczonym planem urządzenia lasu (dotychczas wojewoda).

W art. 58 ust. 3 wprowadzone zostały zmiany polegające na przeznaczeniu środków funduszu leśnego wyłącznie na zalesiania gruntów nie stanowiących własności Skarbu Państwa. Przed 1 stycznia 1999 środki te mogły być również przeznaczane na badania naukowe, prace związane z oceną i prognozowaniem stanu lasów i zasobów leśnych oraz inne zadania.

W art. 6 skreślono pkt. 3, który stanowił, że organem administracji w zakresie ochrony przyrody był także dyrektor parku narodowego. Od momentu obowiązywania znowelizowanej ustawy organami administracji z zakresu ochrony przyrody są: Minister Ochrony Środowiska, Zasobów Naturalnych i Leśnictwa oraz wojewoda.

Zadania i kompetencje wojewody z zakresu ochrony przyrody na terenie parku narodowego wykonuje dyrektor tego parku. Dyrektora parku narodowego nadal powołuje i odwołuje Minister Ochrony Środowiska, Zasobów Naturalnych i Leśnictwa, po zasięgnięciu opinii Państwowej Rady Ochrony Przyrody (art. 16 ust. 2).

Od 1 stycznia 1999 Minister właściwy do spraw środowiska tworzy jedynie rezerwaty przyrody wynikające ze zobowiązań międzynarodowych (ust. 5).

Utworzenie parku krajobrazowego przez wojewodę wymaga spełnienia ustawowego obowiązku uzgodnienia z zainteresowanymi organami samorządu terytorialnego (art. 24 ust. 4).

Zmiana przeznaczenia terenu, na którym znajduje się starodrzew może być dokonana po uzyskaniu zgody starosty wykonującego zadania z zakresu administracji rządowej, do końca ub. roku po uzyskaniu zgody wojewody. Starosta, który wykonuje zadania z zakresu administracji rządowej otrzymał także kompetencję sprawowania kontroli nad przestrzeganiem przepisów o ochronie przyrody w trakcie gospodarczego wykorzystywania zasobów i poszczególnych składników przyrody przez jednostki organizacyjne oraz osoby prawne i fizyczne, co dotychczas należało do kompetencji wojewody.

Do zadań własnych starosty należy wydawanie zgody na odstąpienie od zakazu chwytania i przetrzymywania zwierzyny, o którym mowa w art. 9 ust. 1 pkt. 2 (dotychczas wojewoda) (ust. 2).

Starosta wydaje także, jako zadanie własne, zezwolenia na posiadanie i hodowanie chartów lub ich mieszańców (dotychczas wojewoda) (art. 10).

Uprawnienia Ministra Ochrony Środowiska, Zasobów Naturalnych i Leśnictwa w zakresie wyrażania zgody na przeznaczenie gruntów leśnych lasów ochronnych (bez względu na formę własności) na cele nieleśne, nie wymienione w art. 9 ust. 2 przekazane zostały wojewodzie.

Na mocy ustawy kompetencyjnej wojewódzkie inspektoraty ochrony środowiska stają się służbami wojewody, funkcjonującymi w warunkach zespolonej administracji rządowej w województwie.

Od 1 stycznia 1999 r. działa Inspekcja Ochrony Środowiska (nie: Państwowa), a nadzór nad wykonywaniem jej zadań sprawuje minister właściwy do spraw środowiska. Zadania IOŚ wykonują: Główny Inspektor Ochrony Środowiska oraz wojewoda przy pomocy wojewódzkiego inspektora ochrony środowiska jako kierownika wojewódzkiej inspekcji ochrony środowiska, wchodzącej w skład zespolonej administracji wojewódzkiej.

Wojewódzkiego inspektora powołuje i odwołuje minister właściwy do spraw środowiska w uzgodnieniu z wojewodą.

W wojewódzkich inspektoratach ochrony środowiska na ich wniosek tworzone są przez wojewodę delegatury wojewódzkiego inspektoratu.

Minister właściwy do spraw środowiska określa w drodze rozporządzenia zasady organizacji wojewódzkich inspektoratów ochrony środowiska i ich delegatur.

Poza istniejącymi funduszami ochrony środowiska i gospodarki wodnej (Narodowym, wojewódzkimi i gminnymi) tworzy się powiatowe fundusze.

Ponadto obowiązuje nowy podział wpływu środków na poszczególne fundusze (z opłat i kar ekologicznych). Wpływy za składowanie odpadów stanowią w 50% dochód gminnego funduszu gminy i w 10% dochód powiatowego funduszu powiatu, na których obszarze składowane są odpady. Dochodami gminnego funduszu są także wpływy z tytułu kar i opłat za usuwanie drzew i krzewów z terenu gminy. Dochodami gminnego funduszu jest 20%, a powiatowego funduszu 10% wpływów z opłat i kar za pozostałe rodzaje gospodarczego korzystania ze środowiska i dokonywania w nim zmian oraz szczególnego korzystania z wód i urządzeń wodnych (z wyłączeniem wpływu z opłat i kar za zasolenie wód powierzchniowych przez kopalnie węgla kamiennego oraz z tytułu emisji tlenków azotu do powietrza - te w całości trafiają do Narodowego FOŚiGW).

Pozostałe środki dzielone są w proporcji: 28% stanowi dochód Narodowego Funduszu Ochrony Środowiska i Gospodarki Wodnej oraz 72% wojewódzkiego funduszu.

Ponadto gminy i powiaty, w których dochody funduszy ochrony środowiska są większe niż 15-krotność średniej krajowej dochodów z roku poprzedniego przypadających na jednego mieszkańca, liczonej odpowiednio dla gmin i powiatów, przekazują nadwyżkę dochodów do właściwego funduszu wojewódzkiego.