W 1985 roku flagowy statek organizacji został wysłany, aby raz na zawsze położyć kres francuskim próbom nuklearnym na atolu Mururoa. "Rainbow Warrior" nigdy nie prezentował się bardziej okazale. Po remoncie, który zabrał kilka miesięcy i kosztował ponad 100 000 dolarów, statek mógł rozwijać większą prędkość przy mniejszym zużyciu paliwa. Został także wyposażony w nowy radar i radio. Prawdziwie międzynarodowa załoga składała się ze Szwajcarów, Duńczyków, Niemców, Irlandczyków i Nowozelandczyków.
"Warrior" wyruszył w pierwszą po remoncie podróż z Florydy do Honolulu, aby zabrać stamtąd holenderskiego fotografa, Fernando Pereirę, który miał dokumentować przebieg wyprawy. Nikt się nie spodziewał, że Pereira już z niej nie powróci.
Greenpeace wysłał oficjalny telegram do prezydenta Francji Mitteranda informujący go o zamiarze zablokowania przez organizację dalszych prób na Mururoa. Telegram nie wspominał jednak, że tym razem do protestu mieli dołączyć Polinezyjczycy zamieszkujący okoliczne wyspy. Francuzi dowiedzieli się jednak o planowanej akcji z zupełnie innego źródła. Nowozelandzkie biuro Greenpeace'u zostało zinfiltrowane przez francuskie służby specjalne. Frederigue Bonlieu, której prawdziwe nazwisko brzmiało Christine Cabon, zgłosiła się jako wolontariuszka do biura w Auckland, aby pomagać w pracy. Jej zadanie polegało na wysyłaniu listów, odbieraniu telefonów i tłumaczeniu oświadczeń dla prasy. W tym samym czasie "Frederigue" zajmowała się także zbieraniem map wybrzeża i gromadzeniem informacji o sklepach sprzedających sprzęt do nurkowania. Wszystkie te materiały wędrowały do Paryża, do - według jej słów - "znajomego, który wybiera się do Nowej Zelandii na wakacje". Prawdziwym celem Cabon było jednak przygotowywanie gruntu dla francuskich sabotażystów, którzy już wkrótce mieli się pojawić z misją zatopienia "Rainbow Warrior".
Akcja była przygotowywana przez kilka równolegle działających zespołów. Pierwszy z nich przybył na pokładzie jachtu "Ouvea". W jego skład wchodziło trzech agentów francuskiego Direction Generale des Services Exterieurs oraz lekarz specjalizujący się w leczeniu nurków. Zadaniem zespołu było przetransportowanie materiałów wybuchowych, sprzętu do nurkowania i nadmuchiwanego pontonu typu Zodiak na miejsce akcji. Paradoksalnie Zodiaki były ulubionym, wielokrotnie wykorzystywanym przez Greenpeace sprzętem. Tym razem miały służyć w działaniach wymierzonych przeciwko organizacji.
Niemal w tym samym czasie do Auckland dotarł drugi zespół agentów, w którym znajdowali się major Alain Mafart i kapitan Dominique Prieur, przedstawiający się jako szwajcarskie małżeństwo w podróży poślubnej. Dzień później powitali on na lotnisku pułkownika Louisa Pierre Dillais, który miał nadzorować całą operację.
Nieświadomi zagrożenia członkowie załogi "Rainbow Warrior", także przygotowywali się na przybycie do Auckland. Do Nowej Zelandii docierali również inni członkowie Greenpeace'u, między nimi jeden z założycieli i liderów organizacji Patrick Moore i Jim Bohlen, którego organizacja "Don't Make a Wave" Committe, stała się swego czasu zalążkiem Greenpeace'u. /.../ 10 lipca o godzinie 2338 eksplodował pierwszy ładunek przyczepiony do burty "Rainbow Warrior".
10 lipca 1985 roku około 2030 jeden z francuskich komandosów Jean Michael Bartelo, założył swój strój do nurkowania i wślizgnął się bezszelestnie do wody z pontonu zacumowanego niedaleko "Rainbow Warrior". Miał przy sobie dwa, owinięte plastikiem, pojemniki z materiałem wybuchowym. Jeden z nich przymocował w pobliżu śruby statku, druki przy maszynowni. Ustawił zapalnik czasowy i odpłynął.
W tym czasie załoga "Rainbow Warrior" odpoczywała właśnie w mesie po męczącym spotkaniu, które zakończyło się kilka minut wcześniej. Pierwsza bomba eksplodowała o 2338. Odgłos wybuchu przypominał odległy grzmot, ale jego siła była dostatecznie duża, aby zrzucić siedzących w mesie z krzeseł. Statek przechylił się na bok i w przód. Załodze statku, która rzuciła się w stronę maszynowni ukazał się otwór wielkości samochodu, przez który z siłą 6 ton na sekundę wlewała się woda. Peter Willcox, który dowodził "Rainbow Warrior" rozkazał opuścić statek. Doktor Andy Biedermann ruszył do kabin, aby sprawdzić, czy nikt nie został pod pokładem. Jego śladem podążył Fernando Pereira, prawdopodobnie po to by uratować swój cenny sprzęt fotograficzny. Wtedy właśnie nastąpiła druga eksplozja. Cała załoga rzuciła się do łodzi ratunkowych. Pod pokładem, uwięziony przez wodę wlewającą się drugim otworem, pozostał Pereira. Liczba ofiar mogła być znacznie większa, szczęśliwie większość ludzi, którzy zazwyczaj nocowali na statku, tej nocy nie spała lub była na brzegu. W ciągu kilku godzin wiadomość o zamachu dotarła do największych agencji prasowych. Biuro w Auckland zostało zablokowane setkami telefonów z pytaniami i propozycjami pomocy. Niemal następnego dnia, pod hasłem "You Can't Sink a Rainbow" (Nie możecie zatopić Tęczy) rozpoczęła się zbiórka funduszy na rzecz "Rainbow Warrior". Równie szybko zareagowała na pierwszy akt terroryzmu na swoim terytorium policja Nowej Zelandii. Wkrótce informacjami mogącymi przyczynić się do ujęcia sprawców wypełniono 48 dużych pudeł, 100 policjantów zebrało ponad 400 zeznań. Tak skrupulatnie prowadzone śledztwo wkrótce przyniosło pierwsze owoce. Przypadkowy przechodzień widział ponton spuszczony w pobliżu miejsca, gdzie cumował "Rainbow Warrior", wędkarz słyszał jego motor, a rowerzysta plusk, gdy coś ciężkiego wypadło z niego do morza. Strażnik w klubie jachtowym zanotował numery rejestracyjne stojącej w porcie furgonetki, którą wypożyczył francuski zamachowiec. Poprzez agencję wynajmu samochodów policja dotarła do małżeństwa Turenge, w rzeczywistości agentów Mafart i Prieura. Kiedy ich szwajcarskie paszporty okazały się fałszywe, a jedną z rozmów telefonicznych z ich pokoju hotelowego połączono z siedzibą tajnych francuskich służb, wszystkie elementy układanki zaczęły pomału trafiać na swoje miejsce. Swoje prywatne śledztwo prowadził tymczasem we Francji David McTaggart. Udało mu się dotrzeć do innych francuskich agentów biorących udział w zamachu, którzy teraz, gdy cała sprawa była bliska ujawnieniu, bali się nie tylko policji, ale również własnych przełożonych, dla których byli niewygodnymi świadkami.
Tymczasem oficjalne stanowisko strony francuskiej głosiło, iż faktycznie w Nowej Zelandii przebywali francuscy agenci, ale ich jedynym celem było śledzenie poczynań Greenpeace'u, a nie zamach bombowy.
Jednak nowe fakty szybko ujrzały światło dzienne. Największe francuskie dzienniki informowały o powiązaniach z zamachem samego ministra obrony Charlesa Hernu. Hernu został zdymisjonowany, a przez chwilę wydawało się, że także prezydent Mitterand będzie musiał ustąpić ze stanowiska. 22 września premier Laurent Fabius oficjalnie przyznał, że to przedstawiciele francuskich tajnych służby zatopiły "Rainbow Warrior".
